- 本所之研究生是來自不同臨床專科之臨床相關人員（含：中、西醫師、護理師、及呼吸治療師等），其研究目的是『解決臨床問題或探討疾病機制』，研究生可自己選擇研究主題（如：臨床上面臨但仍未能解決或瞭解之問題）、與自由選擇指導教授，教師依其自選研究主題，從旁協助並加以指導，提升原有背景知識，擴展視野，培養更多專長，達到在職進修的目標。
- 本所教師長期指導臨床醫護人員，並與臨床醫護人員有長期之合作，深入瞭解『以臨床問題為導向』之基礎研究。本所教師為達到具備指導臨床醫護人員之能力，常需自行進修『臨床相關主題之研究方法』，強化指導臨床醫護人員之技能。
- 本所開課教師涵蓋基礎醫學與臨床醫學，課程多元化，提供豐富的基礎與臨床醫學整合課程、最先進生物科技學門。
- 本所臨床醫學組為了提供更多學習與研究的機會與空間，在高雄長庚醫院、及嘉義長庚醫院皆設有學分班，且各學分班皆獲得各院區醫研部的大力支持，除了提供場地可供上課之外，也提供了研究必須之設備及實驗室，使高屏、及嘉南地區之醫師能有機會參與各種基礎與臨床之醫學研究。
- 於本所就讀之長庚醫院臨床相關人員皆可申請長庚醫院的研究計劃補助（CMRP），每年可獲得最高新台幣約100萬元之研究經費補助(含人事費)，使學生能有充分的經費進行研究，另一方面，藉由計劃的申請，亦可訓練學生撰寫研究計劃的能力。非任職於長庚醫院之本所研究生，所長、所內老師、及論文指導教授，應協助該研究生向其服務醫療院所、國科會、國衛院、或衛生署提出研究計劃之申請，並以至少獲得一個研究計劃經費之補助為原則。
- 鼓勵研究生於在學期間申請出國進修，由各院區醫學教育委員會評估及補助，提供研究生更廣泛而豐富之學習機會與經驗，研究生能有機會學習新的研究方法，擴增研究視野，增進未來建立國際間研究團隊之合作之機會。
- 本所臨床醫學組碩士班之教育目標特色有二：一為臨床研究人才之指導與培育，使臨床醫師具備執行臨床研究之能力；一為基礎研究人才之啟發，具濃厚研究興趣、成績優秀且經審查通過者可直升博士班，每年提供1個臨床醫學組之碩士班研究生直升博士班名額。
